Pošto se Stepinac počeo osjećati vrlo loše, komunističke su se vlasti pobojale da će umrijeti u kaznionici, gdje bi međunarodna javnost mogla zatražiti obdukciju pod kontrolom stranih patologa, te je poslan u svoj rodni Krašić u kućni pritvor, gdje Stepinac umire 10.veljače 1960. Prilikom balzamiranja njegova tijela na molbu tadašnjeg administratora zagrebačke nadbiskupije dr. Franje Šepera jedan od liječnika je sakrio kardinalovo srce koje je posebno balzamirano i sačuvano za potrebe crkve. Kad je nakon dvije godine Udba saznala za to, zaplijenila je kardinalovo srce i spalila ga u malom krematoriju SUP-ove ambulante u Zagrebu u Šarengradskoj ulici, a pepeo bacila.
No barbarstvo i mržnja komunističkih vlasti išli su i dalje. Kad je 1993. godine izvršena ekshumacija kardinalova tijela da bi se potvrdilo njegovo sustavno trovanje, otkriveni su tragovi karbolne kiseline koja je uštrcana u vene pokojnika, tako da su posmrtni ostatci balzamiranoga tijela potpuno raspadnuti. Komunistički su vlastodršci time htjeli zametnuti tragove trovanja.
Kad su došli na vlast u Hrvatskoj nakon 2. svjetskoga rata komunisti su likvidirali veliku većinu intelektualaca, profesora, pisaca, akademika, svećenika, redovnika i redovnica, koji su svojim znanjem i ugledom odskakali od komunističkog idealtipskog čovjeka, zbog navodne kulturne suradnje s okupatorom. Konačno je došao red i na najvišu duhovnu vertikalu, na zagrebačkoga nadbiskupa Alojzija Stepinca. Tada se obistinio jedan dio Stepinčeve proročke vizije koju je on zabilježio u svome dnevniku još 5.studenoga 1940. godine:“Pobijedi li Njemačka biti će grozan teror i propast za male narode.Pobijedi li Engleska ostat će na vlasti masoni, Židovi, prema tome nemoral, korupcija u našim zemljama. Pobijedi li SSSR onda je đavo dobio vlast nad svijetom i pakao“.
Još je u kolovozu 1940. Stepinac govorio, da se načela Katoličke crkve ne mogu složiti s komunizmom, jer komunizam želi otkinuti dušu od Boga.
Komunistički nauk, kazao je Stepinac, osiromašuje čovjeka, jer gubeći vjerski ideal čovjek gubi smisao za domovinu i za život. Život bez Boga je pakao. (M.Landercy; Kardinal Alojzije Stepinac, Đakovački Selci, 1989.,str.74.).
U svojoj propovjedi pred zagrebačkom katedralom 31.10.1943.na završetku pokorničke procesije Stepinac kaže, među ostalim, slijedeće: “Katolička crkva uvijek je osuđivala a i danas osuđuje svaku nepravdu u ime klasnih, rasnih ili narodnosnih teorija. Ne može se istrijebiti s lica zemlje Cigane i Židove, jer ih se smatra inferiornom rasom. Nitko nema pravo da na svoju ruku ubija i na koji mu drago način oštećuje pripadnike druge rase ili narodnosti.. Mi smo uvijek naglašavali u javnom životu principe vječnoga zakona Božjega, bez obzira radi li se o Hrvatima, Srbima, Židovima, Ciganima, katolicima, muslimanima, pravoslavcima ili kome drugome. Katolička crkva ne poznaje rase koje gospoduju i rase koje robuju“.
A o komunizmu on kaže slijedeće: „ Katolička crkva se ne može složiti sa sistemom koji ide za tim, da zemljoradniku otme zemlju, zanatliji kuću, posebno njegovo vlasništvo koje je pribavio u znoju lica svoga, radniku plod njegova rada i svakom čovjeku njegovu dušu…Ne možemo, nadalje, priznati sistema, koji bi negirao obitelj u kojoj Crkva gleda Božju instituciju i temeljnu stanicu svakog naroda. Htjeti muža i ženu učiniti bračnim drugovima samo na vrijeme dok postoje sjetilne veze, htjeti obitelji oduzeti sveti sakramentalni značaj i zapriječiti da bude izvor života i odgajalište djece, htjeti dijete oteti roditeljima i proglasiti ga vlasništvom države, znači pokolebati prirodni zakon života u njegovim temeljima, znači uništiti ne samo obitelj, nego i sam narod i državnu zajednicu. Ne možemo priznati sistem, koji bi htio negirati osobnoga Boga, Stvoritelja svijeta, a ispovijedanje vjere u Boga svesti unutar četiri zida, gdje te nitko ne vidi niti čuje“.
Ovaj je govor pozitivno odjeknuo diljem Europe i Amerike, a vješto su ga iskoristili i partizani u šumi tiskajući ga okljaštrena u obliku letka i dijeleći ga borcima. No dolaskom na vlast u Hrvatskoj komunisti su nastojali svim sredstvima privoljeti Stepinca da raskine vezu Katoličke crkve u Hrvatskoj sa Vatikanom i da osnuje samostalnu hrvatsku katoličku crkvu, koja bi, poput srpske Pravoslavne crkve, postala državna crkva pod izravnim utjecajem komunističkih vlasti, što bi u budućnosti neizostavno vodilo sjedinjenju tih dviju crkava, a u daljnjem tijeku vrlo vjerojatno sjedinjenju hrvatskoga i srpskoga naroda u jedinstveni umjetni jugoslavenski narod, odnosno u stvari u velikosrpski narod. Kad u tome komunisti nisu uspjeli uslijedilo je prvo zatvaranje Stepinca od 17.5. do 3.6.1945.
Slijedećega dana nakon Stepinčevoga puštanja iz zatvora upriličen je sastanak Josipa Broza Tita i Stepinca. I kao što je Tito 1943. nudio Hitleru vojnu suradnju u okupiranoj Jugoslaviji , što je Hitler s prezirom odbio, tako Tito 1945. nudi Stepincu suradnju pod uvjetom da zagrebački nadbiskup raskine vezu hrvatske Katoličke crkve s Vatikanom, što je Stepinac odbio (Pero Simić – Zvonimir Despot:TITO, strogo povjerljivo, Zagreb 2010,str.34,35.).
Interesantan je to bio susret. S jedne strane Tito, komunistički narcis, Staljinov poslušnik i istodobno Churchillov štićenik, neprincipijelni karijerist i istodobno boljševički dogmatičar, „cinkaroš“ u Moskvi svojih partijskih kolega što je ove koštalo glave, agent Kominterne i suradnik NKVD-a, a, s druge strane, samozatajni asket, čovjek koji pred komunističkim sudom izjavljuje, da je za svoje kršćansko uvjerenje pripravan ne samo trpjeti, nego i umrijeti.
Kad Tito nije uspio nagovoriti Stepinca da odcijepi Katoličku crkvu u Hrvatskoj od Vatikana uslijedile su prijetnje, fizički napadi i pokušaj ubojstva Stepinca ( u Zaprešiću kad je otvarao novu župu), blaćenje u medijima, pisanje klevetničkih parola po zidovima. Stepinca i Katoličku crkvu bjesomučno napadaju uz blagoslov Udbe masoni, osobito dr.Viktor Novak i Dušan Tomić,
Na sve ovo Stepinac šalje prosvjede zbog teških zlodjela koja su se dnevno zbivala, ubijanja svećenika, montiranih postupaka pred tzv. narodnim sudovima. U tim prosvjedima on ističe, da hrvatski narod nije trpio ni u vrijeme Turaka kao što trpi pod komunistima, da su na odstrjelu osobito hrvatski intelektualci samo zbog toga što su radili za vrijeme NDH i zaključuje:“Izgleda prema postupku sadašnjih vlasti, da se za vrijeme od 1941. do 1945. nije smjelo uopće živjeti“.
No najžešća osuda komunističkih zlodjela uslijedila je u pastirskome pismu od 20. rujna 1945. u kojemu katolički biskupi, predvođeni zagrebačkim nadbiskupom, spominju, među ostalim, osude i smaknuća mnogih nevinih svećenika, zabranu katoličkog tiska, zatvaranje sjemeništa, ukidanje privatnih katoličkih srednjih škola, sprječavanje vršenja vjerskih dužnosti, pravljenje neprilika katoličkim ženskim redovima, barbarstvo komunista u odnosu na grobove, postupak u komunističkim logorima itd. Nakon pastirskoga pisma uslijedilo je i okružno pismo Stepinca u studenome iste godine u kojemu on izražava bol što mu je komunistička vlast onemogućila da vrši svoj apostolat izvan Zagreba.U tome pismu Stepinac također iznosi, kako njega, biskupe,svećenike, redovnike i redovnice napadaju svim sredstvima na političkim skupovima, u medijima, natpisima po zidovima, klevetama i lažnim tumačenjem svećeničkih izjava.
Nakon okružnoga pisma komunisti su odlučili Stepinca zatvoriti.
Tito, koji je dobio bitku protiv kralja, nije mogao dopustiti da je izgubi pred jednim katoličkim nadbiskupom – i to u svojoj komunističkoj državi (R. Oraški). Zato je po nalogu toga vrlo vjerojatno visokopozicioniranog europskog masona ( Mladen Lojkić: Masoni protiv Hrvatske, Zagreb , 2010. str.294.) uslijedio poznati montirani sudski postupak, čija je glavna rasprava otvorena 30.9.1946. a presuda na 16 godina prisilnog rada i 21 godinu gubitka građanskih prava izrečena 11.10.1946. Općepoznato je Stepinčevo dostojanstveno držanje na komunističkome sudu i njegova izreka, da on ne treba milosti, jer da mu je savjest mirna.
Za vrijeme njegovog izdržavanja kazne u Lepoglavi počinje njegovo sustavno trovanje. Pretpostavlja se da su ga zračili iz susjedne ćelije, što je razaralo nadbiskupovu koštanu srž i dovelo do teškog oboljenja, policitemije. Kod te bolesti ulaze u krvotok velike količine nedozrelih eritrocita, a bolesnik osjeća umor, opću slabost, gubi apetit i postaje anemičan, rapidno mu slabi imunitet i umire. Pošto se Stepinac počeo osjećati vrlo loše, komunističke su se vlasti pobojale da će umrijeti u kaznionici, gdje bi međunarodna javnost mogla zatražiti obdukciju pod kontrolom stranih patologa, te je poslan u svoj rodni Krašić u kućni pritvor, gdje Stepinac umire 10.veljače 1960. Prilikom balzamiranja njegova tijela na molbu tadašnjeg administratora zagrebačke nadbiskupije dr. Franje Šepera jedan od liječnika je sakrio kardinalovo srce koje je posebno balzamirano i sačuvano za potrebe crkve. Kad je nakon dvije godine Udba saznala za to, zaplijenila je kardinalovo srce i spalila ga u malom krematoriju SUP-ove ambulante u Zagrebu u Šarengradskoj ulici, a pepeo bacila.
No barbarstvo i mržnja komunističkih vlasti išli su i dalje. Kad je 1993. godine izvršena ekshumacija kardinalova tijela da bi se potvrdilo njegovo sustavno trovanje, otkriveni su tragovi karbolne kiseline koja je uštrcana u vene pokojnika, tako da su posmrtni ostatci balzamiranoga tijela potpuno raspadnuti. Komunistički su vlastodršci time htjeli zametnuti tragove trovanja. Začudo, jedan od objektivnijih sudova o Stepincu dao je poslije rata Milovan Đilas kad je rekao Ivanu Meštroviću slijedeće:“Da vam pošteno kažem istinu, ja mislim, i nisam sam u tom uvjerenju, da je Stepinac čovjek neporočan, postojan karakter, koji se ne da slomiti. On je bio osuđen nevin, ali često biva u povijesti da pravednici budu osuđeni u cilju postignuća nekih političkih ciljeva…nemamo ništa protiv njegova hrvatskog nacionalizma, ali ne možemo podnositi njegovu privrženost rimskom papi. Mi uklanjamo sve što nam je na putu. Svrha posvećuje sredstvo…Da je samo proglasio hrvatsku Crkvu odcijepljenu od Rima, mi bismo ga do oblaka uzdigli.“ ( Vladimir Horvat: Kardinal Alojzije Stepinac, Zagreb-Samobor-Krašić,2008.str.196.).
Dopustite mi da na završetku citiram riječi blagopokojnog kardinala Franje Kuharića izgovorene u Rimu 13.prosinca 1990. godine, na skupu koji je organizirala Papinska međunarodna marijanska akademija u suradnji sa Hrvatskim zavodom sv.Jeronima i Hrvatskom zajednicom u Rimu. Tom prigodom je kardinal Kuharić rekao i ovo:“ Između listopada 1946. i veljače 1960. Stepinac je napisao mnogo pisama, osobito biskupima, svećenicima, redovnicima i redovnicama, koji su u većini spisi velike duhovnosti. Vrlo čvrst, zajedno s poticanjem na ustrajnost, on je izricao uvjerenje da komunizam ne će dugo trajati. Danas, dok mi gotovo jedva vjerujemo, to se događa pred našim očima. Ali , budimo uvjereni, da je to plod mnogih molitava, mnogih suza i mnogih patnja.“
Poput svoga Učitelja Stepinac je svojim životom posvjedočio evanđelje ljubavi, kako nose naslov opsežne tri knjige o životopisu, dokumentima i svjedočanstvima koji su vezani za blaženog Alojzija Stepinca, a materijali sakupljeni od msg. Jurja Batelje. Stepinac je dopustio da bude raspet od komunističkih Kaifa i Pilata 20. stoljeća. No, usprkos današnjeg pokušaja od strane recikliranih komunista da se te Kaife i Pilate rehabilitira pod oznakom antifašizma (i Staljin je bio uvjereni antifašist, ali što mu to vrijedi kad je bio komunist, dakle krvoločniji od fašista), ti Kaife i Pilati su sramotno nestali sa povijesne pozornice zajedno sa zločinačkom ideologijom komunizma, a Stepinac, poput svoga Učitelja, ostaje svijetli uzor bogoljublja, domoljublja i čovjekoljublja. Kako je rekao američki biskup, poznati pisac i televizijski propovjednik Fulton Sheen, Stepinac je došao pred sud kao duhovni vođa Hrvata, a izašao je sa suda kao vođa svoga naroda i kao primjer za svijet.